Kuigi geneetiliselt sarnased, looduslikud ja kodused koerad on erinevused.
Kodustatud koerad jagavad oma looduslike sugulastega paljusid tunnuseid, kuid ka selged erinevused. Teadus ei ole mitmesuguste erinevustega täielikult haaratud, peamiselt tänu sellele, et koduloomade DNA (Canis familiaris) on peaaegu identne hallide hundide (Canis lupus) omaga.
Dieetide evolutsioon
Söötmine on kodustatud koerte ja hallide hundide puhul sarnane ja erinev. Hundid jahtivad pakendites, võttes suured saagiks oma perekondade toitmiseks. Paketi vahel on hierarhia, kus esmalt toituvad alfad, millele järgnevad teised täiskasvanud ja seejärel noored. Kuigi kodumaise koera toitumine sõltub endiselt suurel määral loomsetest valkudest, on kodustamisprotsess muutnud nende dieeti, et jäljendada inimeste omadusi. Üks teooria viitab sellele, et kuna koerad said kodustatud, jäid nad suurel määral ellu inimsahtide jääkide eemaldamisest. Aja möödudes elasid esimesed kodustatud koerad inimlikest söögikordadest "lauaplaatide" hulgast, mis tähendab, et nad said oma toidus rohkem puuvilju, köögivilju ja teravilja kui nende looduslikud kolleegid.
Feral koerad
Looduslikud koerad on need, kes on oma olemuselt looduslikud. Nad on rohkem kui põlvkondi kodustatud lemmikloomadest eemal. Looduslikud koerad on peamiselt jahimehed, ehkki mõnede looduslike rühmade puhul on pakendite jaht ülimuslik. Nad on rohkem oportunistlikud söötjad kui jahimehed. See käitumine jäljendab lähemalt nende lähedast sugulast, koyotit. Mõned looduslikest pakenditest toituvad suures osas inimjäätmetest, samal ajal kui teised võtavad kariloomad, näiteks kanad. Viljakoerad moodustavad pakendeid, nagu paljud looduslikud koerte koerad. Ameerika Ühendriikides on enamik metsikutest koertest sarnased huskide ja saksa lambakoerte omaga, kuigi paljude tõugude ja lõhenemisviiside tulemusena ilmnevad metsikutel koertel erinevad esinemised.
Usaldus inimeste vastu
Kodustatud koerad on kasvanud kahtlemata oma inimese kolleegide vihjeid, hoolt ja käitumist. Paljud lemmikloomad, eriti teatud tõud, ei ela ilma inimese hooldamiseta. Selektiivse aretamise põhjustatud geneetilised mutatsioonid, nagu lühikesed nuudlid ja karvadeta karvad, vähendavad kahjuks koera võimet ennast ette näha. Need mutatsioonid koos üldiste hooldusega inimestega loovad sõltumatust rohkem sõltuva olendi. See tähendab, et mõned kodused koerad on piisavalt leidlikud, et ellu jääda ja mõnikord areneda, kui nende inimesed seda teevad. Isegi mõned looduslikud koerte koerad on tugineda inimeste kohalolekule, et ellu jääda prügikasti süüa ja varjupaika tehes ehitatud hoonetes.
Wolf vs. koer
1900. aastate lõpus ja 2000ndate alguses viidi läbi mitmeid uuringuid hundi ja koera käitumise erinevuste kohta. Üheks selliseks uuringuks käsitleti erinevust inimese tõstatatud huntide ja inimese kasvatatud koduloomade vahel. Kuigi mõlemad tõsteti samamoodi, nagu hundid laagerdusid, ei näidanud nad inimestele tuge ja neil ei olnud huvi oma omanikele meeldida. Koerad seevastu toetusid inimestele ja olid väga huvitatud oma omanike meeldivusest. Kodustatud koer tugineb igapäevasel esinemisel suurel määral inimeste liikumistele, nagu näiteks. Kodustatud koer võib inimese nägusid lugeda ka inimese nägu uurides. Uuringud näitavad nende kahe liigi selgeid erinevusi hoolimata nende lähedastest ja peaaegu identsetest DNA järjestustest.
